С 1 сентября 1911 года школа называлась крестьянской, а с 1921 года стала начальной. 

    В 1945 году Варваровской начальной школе присвоен № 5. 

    В 1961 году по решению Анапского Райисполкома по инициативе РОНО школа была преобразована в восьмилетнюю под № 25. 

    С 1 сентября 1961 года восьмилетняя школа № 25 переименована в среднюю школу № 2. 

  В связи с организацией единой администрации курорта Анапа, для упорядочения работы образовательных учреждений постановления главы администрации курорта Анапа Краснодарского края от 15.06.1994 года № 662 «О новой нумерации школ» средней школе № 2 с. Варваровка присвоен № 20. 

  В соответствии с письмом Министерства общего и профессионального образования Р.Ф. № 150\14-12 от 17.02.1997 года «О наименованиях образовательных учреждениях» и на основании типового положения об образовательном учреждении приказом УО и ПО № 308 от 26.11.1999 года «Об упорядочении названий образовательных учреждений города-курорта Анапа» утверждено названием: Муниципальная средняя общеобразовательная школа № 20 г-к Анапа (с. Варваровка). 

   Постановлением главы администрации г-к Анапа № 459 от 08.06.2001 года Муниципальная средняя общеобразовательная школа № 20 г-к Анапа с. Варваровка переименована в Муниципальное образовательное учреждение. Среднюю общеобразовательную школу № 20. 

  На основании распоряжения главы муниципального образования город-курорт Анапа от 30.07.2007 г., №1993-р, в соответствии с Положением об управлении общего и профессионального образования вид Муниципального общеобразовательного учреждения средняя общеобразовательная школа № 20 муниципального образования город-курорт Анапа изменён со средней школы на основную общеобразовательную школу.

   На  основании постановления  администрации муниципального образования город-курорт Анапа от 15 сентября 2011 года №2519 «О переименовании Муниципального общеобразовательного учреждения основная общеобразовательная школа №20 муниципального образования город-курорт Анапа и утверждении устава муниципального бюджетного общеобразовательного учреждения основной общеобразовательной школы №20 муниципального образования город-курорт Анапа» переименована на муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение основную общеобразовательную школу №20 муниципального образования город-курорт Анапа.